Sequenciamento identifica genomas diferentes nos dois casos brasileiros de coronavírus

Análise sugere que já está ocorrendo transmissão interna de COVID-19 nos países europeus. Pesquisadores italianos pedem colaboração de equipe brasileira

Karina Toledo  |  Agência FAPESP – O genoma do coronavírus (COVID-19) isolado no segundo paciente brasileiro diagnosticado com a doença no sábado, 29 de fevereiro, é diferente do encontrado no primeiro caso, confirmado em 26 de fevereiro.

“O primeiro isolado se mostrou geneticamente mais parecido com o vírus sequenciado na Alemanha. Já este segundo genoma assemelha-se mais ao sequenciado na Inglaterra. E ambos são diferentes das sequências chinesas. Tal fato sugere que a epidemia de coronavírus está ficando madura na Europa, ou seja, já está ocorrendo transmissão interna nos países europeus. Para uma análise mais precisa, porém, precisamos dos dados da Itália, que ainda não foram sequenciados”, disse Ester Sabino, diretora do Instituto de Medicina Tropical (IMT) da Universidade de São Paulo (USP), à Agência FAPESP. 

O sequenciamento completo do segundo isolado viral foi concluído em apenas 24 horas por pesquisadores do Instituto Adolfo Lutz e da USP. Os dados do estudo, apoiado pela FAPESP, devem ser divulgados em breve.

Após a publicação da primeira sequência brasileira do COVID-19 no site Virological.org, no dia 28 de fevereiro, pesquisadores italianos entraram em contato com a equipe da USP para solicitar o compartilhamento dos protocolos usados.

Os isolados virais dos dois pacientes brasileiros diagnosticados com COVID-19 foram sequenciados por um grupo coordenado por Claudio Tavares Sacchi, responsável pelo Laboratório Estratégico do Instituto Adolfo Lutz (LEIAL), e Jaqueline Goes de Jesus, pós-doutoranda na Faculdade de Medicina da USP.

O trabalho tem sido conduzido com apoio do Centro Conjunto Brasil-Reino Unido para Descoberta, Diagnóstico, Genômica e Epidemiologia de Arbovírus (CADDE) – uma rede de pesquisadores dedicada a responder e analisar dados de epidemias em tempo real, coordenada por Sabino e Nuno Faria, da Universidade de Oxford, no Reino Unido. O projeto, cujo foco principal é o estudo de arboviroses, como dengue e zika, tem apoio da FAPESP, do Medical Research Council e do Fundo Newton (os dois últimos do Reino Unido).

“Nosso objetivo inicial era treinar a equipe do Adolfo Lutz e implementar a tecnologia necessária para o monitoramento em tempo real da epidemia de dengue em curso no Brasil. Quando foram divulgados os casos de coronavírus na China, em janeiro, começamos a nos preparar para também monitorar em tempo real essa nova doença”, contou Sabino.

O grupo faz uso de um equipamento portátil conhecido como MinION, usado pela primeira vez no país em 2016 para traçar retrospectivamente a disseminação e a evolução do vírus zika nas Américas (leia mais em http://agencia.fapesp.br/25356/).

“Essa agilidade só está sendo possível agora graças ao financiamento contínuo que nosso grupo no IMT-USP recebeu desde 2016. Os protocolos para sequenciamento foram desenvolvidos por uma aluna durante estágio de pesquisa em Birmingham [Reino Unido]. Conseguimos baixar o custo do teste molecular de US$ 500 [R$ 2,2 mil] para US$ 20 [R$ 89]. É um ganho tecnológico enorme para o país”, disse Sabino.

Segundo a pesquisadora, a principal vantagem do monitoramento em tempo real de uma epidemia é a possibilidade de identificar de onde exatamente veio o vírus que chegou ao país. Tal informação pode orientar ações de contenção e ajudar a reduzir a disseminação da doença.

“É uma nova ferramenta para vigilância epidemiológica, que por enquanto só foi testada na África, durante a epidemia de ebola”, disse Sabino. “Queremos divulgar logo esta segunda sequência para ajudar o pessoal da Itália a analisar seus dados. Compartilhamos com os italianos o protocolo usado por nossa equipe e os colocamos em contato com o grupo do CADDE na Inglaterra.”

De acordo com Sacchi, enquanto forem confirmados apenas casos esporádicos de COVID-19 em São Paulo, todos os genomas serão sequenciados. Caso os testes positivos comecem a se multiplicar em larga escala, o trabalho passará a ser orientado pelo Centro de Vigilância Epidemiológica (CVE) da Secretaria de Estado da Saúde, que também integra o Projeto CADDE.

“Nesse caso o sequenciamento passará a ser feito por amostragem e com base em métodos estatísticos, de modo a garantir que os casos amostrados sejam representativos do total”, explicou o pesquisador do Adolfo Lutz.

Caso seja possível sequenciar um grande número de isolados virais, diversos tipos de análise poderão ser feitos no futuro, como a evolução do vírus e a identificação de cepas de pior evolução clínica, por exemplo.