Mineração de microrganismos

Paul Long, do King’s College London, fala sobre novas técnicas de microbiologia ambiental no dia 29, na USP. Seminário integra projeto aprovado em chamada FAPESP-KCL

Por Mônica Pileggi

Agência FAPESP – Nesta terça-feira (29/3), o professor Paul Long, da Divisão de Ciências Farmacêuticas do King’s College London, no Reino Unido, ministrará a palestra “From DNA sequences to chemical structures: methods for mining microbial genomic and metagenomic datasets for new natural products”, na Universidade de São Paulo (USP), na capital paulista.

O evento, com início previsto para o meio-dia, na sala 101 do Departamento de Microbiologia do Instituto de Ciências Biomédicas (ICB) da USP, faz parte das atividades do projeto de pesquisa "Construção de diplóides da bactéria Streptomyces: implicações na evolução do genoma e descobrimento de drogas", aprovado em chamada realizada pela FAPESP em parceria com o King’s College London.

Uma das técnicas usadas na microbiologia ambiental é o isolamento do DNA chamado metagenômico, que inclui todos os genomas em uma única amostra.

“Tem sido um grande avanço já que as técnicas microbiológicas atuais revelam perdas de até 99% dos microrganismos presentes na amostra”, disse Gabriel Padilla, professor do Departamento de Microbiologia e organizador do seminário. 

Segundo ele, o desafio é descobrir como acessar esse elevado número de perdas durante o processo que antecede o sequenciamento de um genoma. “Se a amostra de DNA for de boa qualidade, o resultado será mais preciso, uma vez que o número de informações será impactante”, disse.

Devido ao volume, as informações precisam também ser organizadas de modo a evitar perdas de material biológico. Para isso, o grupo de Long desenvolve programas de bioinformática que analisam famílias de compostos químicos que respondem a certas características.

“Em nosso projeto, focamos no grupo dos policetídeos. Do ponto de vista biotecnológico, são moléculas de altíssimo interesse para a ciência básica”, disse Padilla. Os policetídeos, como o prefixo já diz, são moléculas de múltiplas aplicações. Tratam-se de complexos produzidos por bactérias, fungos ou plantas, sendo, muitos deles, antibióticos.

Os pesquisadores desejam entender como ocorre a instabilidade genética da bactéria Streptomyces. “Essas alterações dentro do genoma, que ainda não sabemos como ocorrem, podem geram grandes consequências, como a perda da produção do antibiótico”, disse Padilla.

De acordo com o pesquisador da USP, essas bactérias são responsáveis por 70% dos antibióticos disponíveis hoje no mercado. “Elas são as maiores produtoras existentes na natureza”, disse.

O objetivo de Padilla e Long, que realizam trabalhos nos laboratórios do ICB-USP e no KCL em parceria com outros dois pesquisadores, o alemão John Cullum, e o croata Daslav Hranueli, é descobrir novos policetídeos a partir do estudo da Streptomyces.