Centro francês oferece vaga para especialista em biologia computacional ou bioinformática

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Agência FAPESP* –Agência FAPESP – O Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon, da Université Claude Bernard Lyon 1 (França), busca especialista em biologia computacional ou bioinformática para projeto que busca identificar as principais vias de vigilância imunológica e os mecanismos de escape imunológico envolvidos em tumores.

A oportunidade é para liderar um estudo voltado a identificar novas vias de imunovigilância por meio da comparação de tumores de pacientes com síndrome neurológica paraneoplásica (SNP) e tumores convencionais (não SNP). A comparação será pela análise computacional de dados de sequenciamento de RNA de célula única de células imunes, células tumorais e células estromais, além de outros conjuntos de dados.

As tarefas incluem: usar e adaptar pipelines existentes e desenvolver novos métodos computacionais para analisar conjuntos de dados complexos de sequenciamento de RNA de célula única para identificar recursos/vias em células imunes, células tumorais e/ou células estromais associadas à maior imunogenicidade de tumores SNP; e explorar dados de TCR-seq e BCR-seq para fornecer uma imagem abrangente da diversidade de clonótipos de células B e T e trajetórias celulares em relação às suas características transcriptômicas.

Além disso, o profissional também implementará métodos computacionais para calcular métricas de proximidade célula a célula e para inferir vizinhanças de células a partir de dados brutos de coloração de tecido tumoral de imunofluorescência multiplex; deverá interagir com os imunologistas da equipe para otimizar o design de experimentos secos e adaptar os pipelines de análise à complexidade do ecossistema imunológico do tumor e aos objetivos do projeto; e contribuirá na redação de artigos.

Os candidatos devem ter doutorado em bioinformática, biologia computacional, biologia de sistemas/imunologia ou áreas afins, com pelo menos um artigo como primeiro autor. Exige-se experiência na utilização de linguagens de programação Python e R, bem como no desenvolvimento de pipeline de bioinformática. São desejáveis experiência de trabalho com conjuntos de dados ômicos de célula única de alta dimensão e conhecimento de imunobiologia tumoral.

Os interessados devem enviar, até quarta-feira (01/06), carta de interesse, currículo e contatos de duas referências para o e-mail bertrand.dubois@lyon.unicancer.fr.

Mais informações: https://bit.ly/3lijArs.

<p><b>Agência FAPESP</b> – O Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon, da Université Claude Bernard Lyon 1 (França), busca especialista em biologia computacional ou bioinformática para projeto que busca identificar as principais vias de vigilância imunológica e os mecanismos de escape imunológico envolvidos em tumores.</p>

<p>A oportunidade é para liderar um estudo voltado a identificar novas vias de imunovigilância por meio da comparação de tumores de pacientes com síndrome neurológica paraneoplásica (SNP) e tumores convencionais (não SNP). A comparação será pela análise computacional de dados de sequenciamento de RNA de célula única de células imunes, células tumorais e células estromais, além de outros conjuntos de dados.</p>

<p>As tarefas incluem: usar e adaptar <i>pipelines</i> existentes e desenvolver novos métodos computacionais para analisar conjuntos de dados complexos de sequenciamento de RNA de célula única para identificar recursos/vias em células imunes, células tumorais e/ou células estromais associadas à maior imunogenicidade de tumores SNP; e explorar dados de TCR-seq e BCR-seq para fornecer uma imagem abrangente da diversidade de clonótipos de células B e T e trajetórias celulares em relação às suas características transcriptômicas.</p>

<p>Além disso, o profissional também implementará métodos computacionais para calcular métricas de proximidade célula a célula e para inferir vizinhanças de células a partir de dados brutos de coloração de tecido tumoral de imunofluorescência multiplex; deverá interagir com os imunologistas da equipe para otimizar o design de experimentos secos e adaptar os <i>pipelines</i> de análise à complexidade do ecossistema imunológico do tumor e aos objetivos do projeto; e contribuirá na redação de artigos.</p>

<p>Os candidatos devem ter doutorado em bioinformática, biologia computacional, biologia de sistemas/imunologia ou áreas afins, com pelo menos um artigo como primeiro autor. Exige-se experiência na utilização de linguagens de programação Python e R, bem como no desenvolvimento de <i>pipeline</i> de bioinformática. São desejáveis experiência de trabalho com conjuntos de dados ômicos de célula única de alta dimensão e conhecimento de imunobiologia tumoral.</p>

<p>Os interessados devem enviar, até quarta-feira (01/06), carta de interesse, currículo e contatos de duas referências para o e-mail <b><a href="mailto:bertrand.dubois@lyon.unicancer.fr">bertrand.dubois@lyon.unicancer.fr</a></b>.</p>

<p>Mais informações: <b><a href="https://bit.ly/3lijArs" target="_blank">https://bit.ly/3lijArs</a></b>.<br />
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