Profissional vai liderar projeto que busca identificar novas vias de imunovigilância por meio da comparação de tumores de pacientes com síndrome neurológica paraneoplásica e tumores convencionais (foto: Centre Léon Bérard/divulgação)

Centro francês oferece vaga para especialista em biologia computacional ou bioinformática
30 de maio de 2022

Profissional vai liderar projeto que busca identificar novas vias de imunovigilância por meio da comparação de tumores de pacientes com síndrome neurológica paraneoplásica e tumores convencionais

Centro francês oferece vaga para especialista em biologia computacional ou bioinformática

Profissional vai liderar projeto que busca identificar novas vias de imunovigilância por meio da comparação de tumores de pacientes com síndrome neurológica paraneoplásica e tumores convencionais

30 de maio de 2022

Profissional vai liderar projeto que busca identificar novas vias de imunovigilância por meio da comparação de tumores de pacientes com síndrome neurológica paraneoplásica e tumores convencionais (foto: Centre Léon Bérard/divulgação)

 

Agência FAPESP – O Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon, da Université Claude Bernard Lyon 1 (França), busca especialista em biologia computacional ou bioinformática para projeto que busca identificar as principais vias de vigilância imunológica e os mecanismos de escape imunológico envolvidos em tumores.

A oportunidade é para liderar um estudo voltado a identificar novas vias de imunovigilância por meio da comparação de tumores de pacientes com síndrome neurológica paraneoplásica (SNP) e tumores convencionais (não SNP). A comparação será pela análise computacional de dados de sequenciamento de RNA de célula única de células imunes, células tumorais e células estromais, além de outros conjuntos de dados.

As tarefas incluem: usar e adaptar pipelines existentes e desenvolver novos métodos computacionais para analisar conjuntos de dados complexos de sequenciamento de RNA de célula única para identificar recursos/vias em células imunes, células tumorais e/ou células estromais associadas à maior imunogenicidade de tumores SNP; e explorar dados de TCR-seq e BCR-seq para fornecer uma imagem abrangente da diversidade de clonótipos de células B e T e trajetórias celulares em relação às suas características transcriptômicas.

Além disso, o profissional também implementará métodos computacionais para calcular métricas de proximidade célula a célula e para inferir vizinhanças de células a partir de dados brutos de coloração de tecido tumoral de imunofluorescência multiplex; deverá interagir com os imunologistas da equipe para otimizar o design de experimentos secos e adaptar os pipelines de análise à complexidade do ecossistema imunológico do tumor e aos objetivos do projeto; e contribuirá na redação de artigos.

Os candidatos devem ter doutorado em bioinformática, biologia computacional, biologia de sistemas/imunologia ou áreas afins, com pelo menos um artigo como primeiro autor. Exige-se experiência na utilização de linguagens de programação Python e R, bem como no desenvolvimento de pipeline de bioinformática. São desejáveis experiência de trabalho com conjuntos de dados ômicos de célula única de alta dimensão e conhecimento de imunobiologia tumoral.

Os interessados devem enviar, até quarta-feira (01/06), carta de interesse, currículo e contatos de duas referências para o e-mail bertrand.dubois@lyon.unicancer.fr.

Mais informações: https://bit.ly/3lijArs.
 

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