Análise genômica de material coletado de infectados ajudará a traçar rota do SARS-CoV-2 na região | AGÊNCIA FAPESP

Análise genômica de material coletado de infectados ajudará a traçar rota do SARS-CoV-2 na região No primeiro dia de trabalho de campo, pesquisadores da USP coletaram secreção nasofaríngea de 27 pacientes: oito testaram positivo para a COVID-19

Análise genômica de material coletado de infectados ajudará a traçar rota do SARS-CoV-2 na região

20 de outubro de 2020

Agência FAPESP – No segundo episódio da série Diário de Campo – Vale do Juruá, Marcelo Urbano Ferreira e Marly Augusto Cardoso, pesquisadores do Instituto de Ciências Biomédicas (ICB) e da Faculdade de Saúde Pública (FSP) da Universidade de São Paulo (USP), respectivamente, descrevem, em vídeo e texto, os procedimentos de coleta de material para diagnóstico de infecção por SARS-CoV-2 e para a caracterização genômica do vírus na Unidade Básica de Saúde Raimundo Reginaldo, em Mâncio Lima, no Vale do Juruá, oeste do Acre. O objetivo da pesquisa, apoiada pela FAPESP, é fazer um diagnóstico da disseminação do novo coronavírus na região.

Episódio 2: A coleta

Descrença nos efeitos da COVID-19 e revolta com os efeitos econômicos da pandemia

* Depoimento de Marcelo Urbano Ferreira à Agência FAPESP

6 de agosto, quinta-feira

Hoje, finalmente, teve início o trabalho propriamente dito. Às 7h da manhã, começamos as atividades na Unidade Básica de Saúde Raimundo Reginaldo de Almeida. Muita gente para fazer exames diagnósticos para COVID-19.

Experiência interessante. Começa com a paramentação completa e os protocolos estritos de higienização entre uma coleta e outra e segue com a organização do espaço de coleta e processamento de amostras. Finalmente, com a familiarização com o kit de detecção de antígeno de SARS-CoV-2 – que, felizmente, é muito fácil de usar e fornece os resultados em 30 minutos.

Aqui cabe uma breve explicação: nessa visita, o objetivo é caracterizar as cepas de SARS-CoV-2 com base em análise genômica. Assim, podemos responder a perguntas como: (a) de onde vieram os vírus que chegaram a essa região do Brasil?; (b) houve uma única introdução ou várias introduções (diferentes vírus vindos de diferentes origens)?; (c) há características genéticas particulares dos vírus que permitam explicar certos aspectos da doença local?

De cada paciente, colho duas amostras de secreção nasofaríngea utilizando um swab , que lembra um cotonete com haste bem longa e fina. O swab é introduzido na narina do paciente em direção à parede posterior da nasofaringe. Uma amostra é utilizada para diagnóstico no local; utilizamos um teste imunocromatográfico com leitura em 30 minutos, uma versão de “teste rápido”. A segunda amostra é armazenada em solução de preservação de RNA e volta conosco para São Paulo, para confirmação molecular do diagnóstico e posterior sequenciamento genômico.

Trabalhamos sem parar entre 7h e 13h. Foram 27 pacientes, bem mais do que imaginávamos. Desses, oito com teste positivo para o antígeno. O teste é mais sensível entre o terceiro e o sexto dia de sintomas, período em que há maior concentração de vírus (e, portanto, de seus antígenos) na nasofaringe. No entanto, vários pacientes vêm à UBS depois de 10 dias de sintomas, pois o teste mais disponível por aqui é aquele que detecta anticorpos do paciente em resposta à infecção. Para a detecção de anticorpos, a sensibilidade é maior nessa fase mais tardia da doença. De fato, pelo menos um paciente negativo em nosso teste teve anticorpos detectados, indicando uma infecção recente por SARS-CoV-2, mas provavelmente com uma carga viral já muito baixa ou ausente no momento do exame. O teste molecular de diagnóstico que usamos em São Paulo, o tal RT-PCR, é mais sensível que o teste rápido para antígenos. Por isso, é provável que tenhamos ainda mais amostras positivas para sequenciamento genômico quando o material for reanalisado.

Não fizemos registros fotográficos hoje. Amanhã, Amanda [Sampaio, bióloga e aluna de mestrado na UFAC] vai nos acompanhar e cuidará da documentação. Achamos mais prudente não expô-la hoje, primeiro dia de trabalho, sem sabermos exatamente como correria tudo. Mas o posto de saúde é muito bem organizado e a equipe é excelente.

Hoje o Terry McCoy, correspondente do jornal Washington Post no Brasil, entrou em contato para conversar sobre a situação em Manaus. A queda de transmissão de COVID-19 por lá, depois da catástrofe dos meses iniciais, vem impressionando o mundo todo, apesar do retorno às atividades quase normais. O Terry conversou com o Rodrigo Corder, meu aluno de doutorado na USP que trabalha com modelagem matemática de COVID-19 sob a coorientação da biomatemática portuguesa Gabriela Gomes – aparentemente a conversa foi excelente [leia mais em agencia.fapesp.br/33720/].

O Vale do Juruá guarda muitas semelhanças com Manaus. Chamam a atenção a baixa adesão às medidas de distanciamento social, uma certa descrença em relação aos efeitos da COVID-19 e uma grande revolta da população com os efeitos econômicos da pandemia... Um caso pitoresco foi o de uma festa surpresa de aniversário no sábado, organizada pelos colegas de trabalho de um rapaz que logo depois teve o diagnóstico de COVID-19 confirmado. Hoje atendemos três colegas desse rapaz que participaram da festa, uma delas com teste positivo confirmado por nós. Mas não há por aqui mortalidade comparável à de Manaus. Felizmente, o serviço de saúde não entrou em colapso. Na última noite, a Unidade de Terapia Intensiva (UTI) do Hospital Regional do Juruá tinha somente três dos 20 leitos (10 dos quais novos, abertos para atendimento da pandemia) ocupados com pacientes infectados pelo novo coronavírus.

Mesmo assim, cada morte é uma perda dolorida. Ontem, a Joyce [Ajucilene Gonçalves Mota, secretária de Saúde de Mâncio Lima] contava-nos muito emocionada sobre a morte do cacique do povo Poianaua, cuja aldeia fica aqui pertinho, a uns 30 km de Mâncio Lima. Os Poianaua foram dizimados durante a ocupação dessa região – aliás, o Coronel Mâncio Lima, que empresta seu nome à cidade, era um conhecido “amansador de índios”. Lentamente, os Poianaua foram recuperando algumas tradições, como o uso ritual da ayahuasca e o Festival da Mandioca, uma grande cerimônia anual. Nessa retomada das tradições, o velho cacique teve um papel fundamental. Era também uma referência na cidade.

Ainda nessa conversa ontem, a Joyce nos disse que uma equipe de saúde partiria hoje, quinta-feira, para prestar assistência na comunidade ribeirinha de São Salvador, no rio Moa, a umas seis horas de barco da cidade. Eles retornam no sábado. Confesso que fiquei muito tentado a ir. No ano passado, participei de uma dessas atividades de atendimento aos ribeirinhos, mas no rio Azul (um pouco mais longe, umas oito horas de barco). Era essencialmente com a mesma equipe, incluindo a Joyce e o Esmith, o dentista. Experiência ótima. No rio Azul, reunimos assistência e pesquisa – lá é um dos locais onde vínhamos pesquisando malária e também uma tripanossomíase, mas isso é outra história. Desta vez, trocamos a população ribeirinha pela população essencialmente urbana que veio ao posto em busca de diagnóstico de COVID-19. Uma de nossas pacientes de hoje vinha lá do rio Azul, comunidade Bom Sossego, uma das que visitamos algumas vezes.

No boletim de quarta-feira (21/10) você confere o terceiro episódio da série Diário de Campo – Vale do Juruá. O primeiro episódio já está disponível em agencia.fapesp.br/34385/.

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