Crean un sistema de monitoreo de la circulación de variantes del SARS-CoV-2 en la ciudad de São Paulo

Se trata de una iniciativa cuya implementación se está concretando mediante una asociación entre la municipalidad local, la cadena de laboratorios Dasa y la FAPESP

Por Karina Toledo  |  Agência FAPESP – En el marco de una asociación entre la alcaldía local, la cadena de laboratorios Dasa y la FAPESP, se está implementando un sistema de monitoreo de la circulación de variantes del nuevo coronavirus en la ciudad de São Paulo, en Brasil.

La meta es analizar semanalmente 384 muestras de secreciones nasofaríngeas extraídas de habitantes de todas las zonas de la ciudad, atendidos en la red pública de salud y que testearon positivo para el SARS-CoV-2. En el Instituto de Medicina Tropical de la Universidad de São Paulo (IMT-USP), dicho material será sometido a test de RT-PCR con capacidad para detectar la presencia de cinco cepas víricas: alfa (B.1.1.7, identificada en el Reino Unido), beta (B.1.351 o sudafricana), delta (B.1.617, de la India), gamma (P.1, de Manaos, en la Amazonia brasileña) y zeta (P.2, de Río de Janeiro). En caso de que el resultado sea negativo para todas, se secuenciará la muestra para poder identificar el linaje presente.

Además, se seleccionará en forma mensual y aleatoriamente el 25 % de las muestras que pasaron por test de RT-PCR para la secuenciación completa de su genoma viral, en un trabajo que estará a cargo del equipo de Dasa.

“Hemos recibido muestras extraídas al final del mes de mayo y al comienzo de junio, y hemos puesto en marcha su estudio. También pretendemos analizar retrospectivamente el material recolectado desde enero de este año. Uno de los objetivos consiste en intentar descubrir cuándo y por donde ingresó la variante P.1 en São Paulo, y de qué manera se propagó. Y también si la cepa india está circulando en la ciudad”*, comenta la profesora de la USP Ester Sabino, quien coordina esta iniciativa junto a Carlos Fortaleza, de la Universidade Estadual Paulista (Unesp) con sede en la localidad de Botucatu.

Las muestras extraídas para su análisis se seleccionarán de manera proporcional a la población de cada zona de la ciudad (norte, sur, este, oeste, centro y sudeste), sin sesgos de gravedad. Los equipos de la municipalidad también les suministrarán a los investigadores algunas informaciones sobre los pacientes, tales como su sexo, la edad, el lugar de residencia y si ya han sido inmunizados o no, y las fechas de la extracción de las secreciones nasofaríngeas y de comienzo de los síntomas.

“Como estamos trabajando con datos de muestras, es necesario que los mismos sean representativos de la población y que estén bien distribuidos en el tiempo y en el espacio. Es decir, los datos deben constituir una maqueta de lo que está ocurriendo en el municipio. La idea es que podamos observar esa miniatura perfecta y saber cómo se encuentra la distribución de variantes en ese momento”, explica Fortaleza, quien fue el responsable del diseño del proyecto.

Mediante técnicas estadísticas –con base en el tamaño de la población de São Paulo y admitiendo un margen de error de hasta un 5 %–, el grupo calculó que sería necesario analizar 384 muestras por semana para lograr mapear la circulación de variantes, de las cuales no se sabe, a priori, en qué proporción están presentes.

De acuerdo con Fortaleza, el objetivo del proyecto es implementar un sistema de vigilancia genómica sensible (que no deje pasar desapercibidamente ninguna variante en circulación), representativo (capaz de mostrar la proporción de las variantes en forma análoga a la distribución real), oportuno (que pueda producir datos a tiempo de implementar medidas de control que deberán adoptarse) y flexible (adaptable a todas las situaciones) para basar las acciones de combate contra la enfermedad.

Luiz Eugênio Mello, director científico de la FAPESP, comenta que esta iniciativa partió de la Municipalidad de São Paulo y que fue “catalizada” por la FAPESP. “Procuramos transformar lo que debería ser un trabajo de rutina de la alcaldía en un trabajo ubicado dentro de las líneas que la Fundación apoya. Existe en este proyecto un elemento inductor importante y con él pretendemos sugerir nuevos diseños organizacionales, en los cuales la academia, el gobierno y el sector privado interactúen de manera rápida y efectiva”, comenta.

Los beneficios

Tal como pone de relieve José Eduardo Levi, investigador del IMT-USP y de la cadena de laboratorios Dasa, la vigilancia genómica constituye uno de los tres pilares principales del combate contra el COVID-19. Los otros dos son la vacunación y las medidas de testeo y de aislamiento social.

“El virus está evolucionando delante de nosotros y, mediante esta estrategia, podremos detectar precozmente variantes que podrán generar una nueva ola, y así intervenir lo más rápido posible”, afirma.

Con base en la secuencia genómica, según explica Levi, es posible inferir si una nueva cepa eventualmente detectada puede considerarse como una “variante de preocupación” (VOC, por sus siglas en inglés). “En caso de que se localice en un barrio un clúster de muestras que sugieran preocupación, será posible distribuir mascarillas y reforzar las medidas de aislamiento y de vacunación en forma orientada, por ejemplo. Y un ejemplo más: si empezamos a detectar en un área casos graves en personas vacunadas, podremos cambiar allí el tipo de inmunizante que se aplica”, sugiere.

Según Sabino, los análisis realizados en el marco del proyecto ayudarán a entender la dinámica de propagación de las nuevas variantes en São Paulo, y esto puede derivar en la detección de nodos de diseminación del virus que podrán ser objeto de intervenciones del poder público.

“El hecho de que la FAPESP se ponga a disposición de las políticas públicas, algo que ya venía sucediendo en programas tales como el PPSUS [el Programa de Investigaciones para el Sistema Único de Salud, en portugués], constituye algo sumamente importante: es la ciencia en beneficio de la vida. Esta unión de saberes –epidemiológico, virológico y de biología molecular– con el trabajo práctico de los técnicos municipales, permite construir puentes y, con base en ellos, pueden surgir cosas sumamente importantes para la salud pública”, sostiene Fortaleza.

* Observación: el día 7 julio, la gobernación del estado de São Paulo confirmó la existencia de transmisión comunitaria de la variante delta del nuevo coronavirus en la ciudad de São Paulo, dos días después de que se volviera público el caso de un hombre de 45 años cuyo testeo dio positivo para esa nueva variante. Ese hombre hacía teletrabajo y no había mantenido contacto con personas que hubiesen viajado al exterior recientemente.