A demora pode ser considerada insignificante diante do tamanho da missão e do tempo que ela vai levar. A sonda será o primeiro instrumento feito pelo homem a chegar ao planeta Plutão, o mais distante do Sol e que muitos astrônomos nem consideram realmente um planeta. Mas isso, se a missão continuar dando certo, vai ocorrer apenas em 2015.
Com sete instrumentos científicos a bordo, a compacta nave de 450 quilos será a primeira também a estudar Caronte, a lua de Plutão. O objetivo da missão é estudar a geologia e geomorfologia dos dois, mapear as composições das suas superfícies, registrar temperaturas e examinar a complexa atmosfera do planeta. Caso tudo isso seja concluído com sucesso, a sonda poderá ter sua missão estendida a outros objetos no limite do Sistema Solar.
A missão também pretende conhecer melhor o Cinturão de Kuiper, faixa situada entre Netuno e Plutão onde foram detectados mais de 800 objetos celestes desde 1992. Alguns são muito grandes, como o 50000 Quaoar, com cerca de metade do tamanho de Plutão – que tem 2.390 quilômetros de diâmetro.
A New Horizons pode também tirar a dúvida sobre o que consistem alguns dos milhares de objetos no Cinturão de Kuiper. Muitos astrônomos consideram que diversos deles podem ser considerados planetas, mais até do que o próprio Plutão. Esse distante corpo celeste não apenas é o menor dos planetas do Sistema Solar como é superado até por sete luas: Ganimede, Titã, Calisto, Io, Europa, Tritão e a própria Lua terrestre.
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